Selon l'Agence Bio, fin 2006, 11 640 exploitations agricoles engagées dans l'agriculture biologique ont été recensées pour cultiver 552 824 ha, soit 499 589 ha certifiés et 53 235 ha en conversion. Cette superficie représente 2 % de la Surface agricole utile nationale.
En 10 ans, le nombre d'agriculteurs de la filière bio a triplé et les surfaces certifiées ont été multipliées par cinq.
En 2006, 44 % des exploitations bio cultivent des céréales, 65 % ont des surfaces herbagères, 40 % pratiquent l'élevage. Plus d'un quart possèdent un troupeau de vaches laitières ou allaitantes, plus de 40 % ont une activité maraîchère et/ou arboriculture fruitière. 14 % ont des vignes, 13 % des plantes aromatiques ou médicinales.

En 2007, le marché alimentaire issu de l'agriculture biologique a été évalué a près de 1,9 Md d'euros HT. Ce marché enregistre chaque année depuis 1999 une hausse de 9,9 %.
Fin 2006, 5 802 entreprises de transformation, de stockage et de distribution certifiées bio ont été recensées. Plus de 85 %, travaillent dans les filières végétales. 58 % sont des boulangeries. 8 % interviennent dans le secteur de la viande, 3 % dans le laitier.