L'agriculture figure dans le titre IV sur la biodiversité. Elle a fait l'objet de discussions, notamment pour les articles 36 à 40 relatifs aux produits phytosanitaires, mais aussi pour celui portant sur certification Haute valeur environnementale (article 42).
Elle se ferait bien par étapes, le premier niveau correspondant au respect de la réglementation, le deuxième est proche des exigences de l'agriculture raisonnée, et seule la validation du troisième niveau permettra aux exploitations d'obtenir la certification HVE. Cette certification reste décriée par le groupe des Verts qui craint une confusion pour le consommateur. Les agriculteurs détenant ce certificat pourront, en l'état actuel du texte, inscrire la mention Haute valeur environnementale sur les produits finis. Quant à l'amendement adopté, il porte sur le niveau 3 de la HVE : il ne s'agit plus d'évaluer cette certification dans sa phase ultime à partir d'indicateurs de résultats mais plutôt d'indicateurs de performance environnementale.

Un article additionnel permet aussi aux exploitations qualifiées agriculture raisonnée et en fin de qualification en 2009 de faire le lien avec le décret de publication de la HVE. Elles pourront ainsi obtenir leur équivalence avec le niveau 2 HVE.
Le texte peut encore évoluer car il doit passer devant l'Assemblée pour son adoption définitive.