La pause sur les mesures agro-environnementales, les MAE, souhaitée par Jean-Michel Lemétayer, président de la FNSEA, n'est pas du goût des organisations de protection de l'environnement. Le principal syndicat agricole, la FNSEA, souhaite que les pouvoirs publics n’imposent pas aux agriculteurs de nouvelles contraintes environnementales qui se traduiraient par des charges supplémentaires dans une situation économique déjà difficile pour les exploitants. Il demande une pause sur les MAE, ces mesures contractuelles destinées à soutenir des pratiques agricoles respectueuses de l'environnement.

Dans un communiqué commun daté du 23 décembre, WWF, la Fondation Nicolas Hulot, France Nature environnement et 4D estiment que « la France ne peut fragiliser encore plus son capital naturel pour tenter de répondre à des problèmes économiques conjoncturels ». Pour ces associations, « il est faux de penser qu'avec moins d'exigences environnementales, le revenu des agriculteurs se redressera en 2010. C'est principalement la dérégulation des marchés qui est en cause dans la chute des prix agricoles, pas les normes environnementales ». Pour ces associations, le problème ne réside pas directement dans ces MAE, mais dans leur lourdeur administrative et dans leur financement, trop faible au regard des contraintes qu’elles impliquent.