L'article 27 réaffirme l'objectif « d'atteindre ou de conserver d'ici à 2015 un bon état écologique ou le bon potentiel, au sens de l'article 2 de la directive européenne 2000/60/CE ». Il s'agit donc de se mettre en conformité avec les textes européens, l'Etat s'engageant « à ne pas recourir aux reports de délais pour plus d'un tiers des masses d'eau ». « D'ici à 2012 des plans d'action seront mis en œuvre en association étroite avec les agences de l'eau pour assurer la protection des cinq cents captables les plus menacés par les pollutions diffuses, notamment les nitrates et les produits phytosanitaires. » Les agences de l'eau développeront un programme spécifique pour les aires d'alimentation de captage, en adaptant le financement. La priorité sera donnée à l'agriculture biologique et celle faiblement utilisatrice d'intrants. Une gestion collective des prélèvements et la création de retenues visant au développement et à une meilleure gestion des ressources en eau, tout en respectant les priorités d'usage. »