Les aides à la conditionnalité concernent toutes les exploitations agricoles qui disposent de terres agricoles. Elles se divisent en plusieurs axes : les aides du premier pilier, les primes à l'arrachage, la reconversion des vignobles, les aides au développement rural, les actions agro-environnementales prévues par les engagements pris en 2007, les aides au boisement des terres agricoles ou encore les paiements sylvo-environnementaux.
Pour souscrire à ces aides, plusieurs conditions sont requises. La présence de particularités topographiques, c'est-à-dire de facteurs pérennes du paysage, doit être équivalente à 1 % de la surface agricole utile. Cette condition va évoluer pour atteindre 3 puis 5 % de la SAU d'ici à 2010 et 2012.

Les particularités topographiques sont nombreuses : la présence de prairies permanentes dans la zone Natura 2000, de zones herbacées retirées de la production ou de bordures de champs différenciables de l'espace cultivé en sont quelques exemples.
Chaque particularité équivaut à une valeur dite de surface équivalente topographique, notée SET, permettant d'assurer le respect des normes BCAE.
Chaque spécificité se voit attribuer des règles d'usage et de bonnes pratiques telles que le non traitement des « zones herbacées retirées de la production » pour permettre le développement de végétation arbustive, le respect des normes préfectorales au sujet des haies ou le non traitement des bordures de champs. Des sanctions sont envisagées en cas de non maintien de ces particularités. Si le pourcentage de particularités typographique est trop faible, les aides pourront être diminuées de 3 % et si les règles d'entretien ne sont pas respectées, elles seront réduites de 1 %. Ces nouvelles obligations prendront effet en 2010.