Les organismes et micro-organismes vivant dans les milieux aquatiques sont de bons indicateurs pour suivre l'évolution de la qualité de l'eau. Le Cemagref est l'institut de référence pour la conception de méthodes de bio-indication. La bio-indication donne un bulletin de santé d'un cours d'eau.

Les bio indicateurs, croisés avec les analyses toxicologiques doivent aider les politiques à hiérarchiser les actions de réparation et de prévention pour les milieux aquatiques.

Pour Jean-Gabriel Wasson, le référent au Cemagref et au ministère de l'Ecologie sur le dossier Directive cadre européenne sur l'eau : «En France, les pressions sur la qualité de l'eau sont multi-factorielles : pollution urbaine, modification des cours d'eau, pollutions diffuses agricoles. » Pour mieux cerner l'impact des activités humaines sur les écosystèmes aquifères le Cemagref travaille à de meilleurs outils pour 2009. « Car il faut des indicateurs qui intègrent toutes les causes de perturbation des milieux : causes chimique, physique, biologique, organique, les barrages, les aménagements. »
Pour le chercheur, la définition du bon état écologique de l'eau, en Europe : « c'est une eau, pas trop malade ! ». Et pour lui, elle est surtout malade des rejets urbains.
Ces bio indicateurs, croisés avec les analyses toxicologiques doivent aider les politiques à hiérarchiser les actions de réparation et de prévention.

Pour l'instant ce sont des bio indicateurs type diatomée (micro-algues avec un squelette de silice facilement identifiable) ; ou invertébré qui servent à faire évoluer l'état des eaux. »
L'indice diatomée est le plus utilisé en France. Pour le faible coût que génère son utilisation parce que les diatomées sont sensibles aux pollutions organiques et réagissent aux variation de Ph.. Une nouvelle version du modèle vient d'être normalisée début février.
Toutefois ces indicateurs ne sont pas révélateurs des effets toxiques. Des travaux sont actuellement en cours en écotoxicologie sur une moule invasive de la Seine. Un organisme facile a étudier.