Sur les 35 milliards d'euros que devrait recueillir le grand emprunt, 16 milliards iront à l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation. Le reste se répartit sur six axes : accélérer le développement des sciences du vivant (2 Mds, dont la moitié pour l'innovation dans les agro-biotechnologies) ; favoriser le développement des PME innovantes (2 Mds) ;  développer les énergies décarbonnées et l'efficacité dans les gestions des ressources (3,5 Mds) ; faire émerger la ville de demain (4,5 Mds) ; inventer la mobilité du futur (3 Mds) et enfin investir dans la société numérique (4 Mds).

Agro-biotechnologie : l'Ademe, structure de portage
Le soutien à l'innovation dans les agro-biotechnologies se fera sur la base de 10 % par an, sur dix ans. La Commission Juppé-Rocard propose de rassembler les acteurs publics et privés « du secteur agricole, agroalimentaire et biotechnologiques » autour de projets, financés conjointement par des investisseurs privés.
La structure de portage des fonds serait l'Ademe, qui animerait un comité de pilotage veillant au respect de l'objectif clairement défini : « permettre le développement d'innovations dans la production de matières premières agricoles et dans l'utilisation de carbone renouvelable en substitution au carbone fossile ».

Des innovations pour l'alimentation et le carbone renouvelable
L'enjeu est de répondre à une demande alimentaire croissante (y compris en intégrant les composantes bénéfiques pour la santé ou les emballages à atmosphère modifiée) et de faire face à la raréfaction des ressources fossiles.
L'accent serait mis, dans le domaine des biotechnologies vertes, sur le génotypage à haut débit, l'ingénierie cellulaire et moléculaire, afin de produire des « variétés végétales innovantes répondant aux besoins d'une agriculture à hautes performances économiques et environnementales ». En ligne de mire, autant l'alimentation humaine et animale que les nouvelles filières du carbone renouvelable, à base d'amidon ou d'oléagineux.
Les biotechnologies blanches sont également en lice, pour le développement d'enzymes et des micro-organismes à des fins chimiques ou bioénergétiques à partir de biomasse.

Le rapport rappelle les engagements déjà pris par la France : le programme Génoplante, ceux concernant les biocarburants de 2 et 3e génération et enfin, les programmes menés sur la chimie verte, notamment dans le cadre des pôles de compétitivité.