Dans un élevage de bovins, l'hygiène doit plus se manifester par la multiplication de gestes simples et quotidiens que par l'usage systématique de produits détergents ou biocides.
Exemple, il faut contrôler la population des rats ou des insectes afin d’éviter une invasion néfaste pour l’élevage. L'objectif premier est donc d'éviter leur multiplication. Ainsi, pour les insectes, vecteur de virus comme celui de la fièvre catarrhale ovine, un bâtiment tenu propre et l'entretien régulier de la fumière (aire de stockage du fumier) défavorisent le développement des larves. L'application de produits biocides est toutefois souvent nécessaire pour la population d’insectes venant de l'extérieur. Autre zone sensible à surveiller, les points d'abreuvement. Les critères de potabilité de l’eau sont les mêmes que pour la consommation humaine. 75 % des éleveurs n'ont pas recours au traitement de l'eau, et notamment de la chloration qui est la pratique la plus courante. L'eau doit aussi être propre et saine, c'est pourquoi, les éleveurs doivent régulièrement contrôler la présence de résidus de fourrages dans le fond des auges.
Dans la salle de traite, deux points sont à surveiller particulièrement chez les vaches : les pieds et bien entendu le pis de la vache pour éviter les mammites. Le nettoyage doit se faire avant et après la traite. Lorsque le troupeau compte des vaches à risque, l'idéal est de pouvoir les traire à la fin.
Enfin, reste le nettoyage et l'entretien de la machine à traire et du tank à lait. Là aussi, la prévention est de mise à travers la surveillance des zones à risque comme les purges ou les coudes. Utiliser en alternance des produits acides et alcalins est une solution pour casser les habitudes des bactéries et ainsi éviter leur développement.